ffmpegで動画と音声を結合する方法

% ffmpeg -i 動画ファイル -i 音声ファイル 保存ファイル

後は適当にオプションを指定したりしてGo!。
以下はエンコードせずに映像と音声に分割、結合するやり方。仮に元のファイルはavi形式で、音声はwavとする。
映像を抜き出す

% ffmpeg -i 元ファイル.avi -an -vcodec copy 映像ファイル.avi

音声を抜き出す

% ffmpeg -i 元ファイル.avi -vn -acodec copy 音声ファイル.wav

抜き出した映像や音声をゴニョゴニョしたりして結合

% ffmpeg -i 映像ファイル.avi -vcodec copy \
  -i 音声ファイル.wav -acodec copy 結合ファイル.avi

1行目の最後にバックスラッシュ(Windowsだと円マーク)をつけて2行にしてますが、もちろん1行で「ffmpeg -i 映像ファイル.avi -vcodec copy -i 音声ファイル.wav -acodec copy 結合ファイル.avi」でも大丈夫です。